Avec le soutien municipal, qui fournit les locaux, un lycée de Jeunes Filles ouvre provisoirement le 22 septembre 1894 et définitivement le 6 septembre 1895.
Les travaux engagés semblent ravir les Stéphanois.

La préparation du Baccalauréat fait son apparition en 1925.

Dans les années trente, le lycée atteint plus de 450 élèves chaque année. Le lycée manque de place et rapidement, dès 1934, l’idée d’un nouveau lycée est lancée. 

Une propriété d’une dizaine d’hectares, présente sur la colline du Mont sera le site de construction du nouveau lycée. Elle débutera en 1953 et sera terminée en 1958. Trois bâtiments sont dans un premier temps construits : un central avec l’externat du lycée, un bâtiment situé à l’est pour l’école professionnelle de filles, et celui de l’ouest avec les élèves du collège. La place prise par les classes de l’école professionnelle de filles devenant trop importante, de nouveaux bâtiments sont construits pour accueillir les élèves du lycée professionnel du Mont, et le lycée technique du Mont, futur lycée d’Alembert. Dans le parc sont construits une demi-pension, un internat et des gymnases.

C'est en 1944 que le lycée reçut sa dénomination actuelle de lycée Honoré d'Urfé.

Le lycée s'ouvre à la mixité au début des années 1970.

La séparation lycée-collège est définitive en 1979, le lycée Honoré d'Urfé est réservé au seul second cycle de l'enseignement secondaire

Un dernier événement entérine ce changement définitif. Il s’agit de la fusion d’Honoré d’Urfé avec le lycée d’Alembert, en 2004. Moins prestigieux, moins élitiste, avec ses classes technologiques et ses élèves de milieux beaucoup plus modestes, ce dernier disparaît définitivement à la rentrée 2007. Pour réaliser cette fusion qui a des difficultés à se concrétiser dans les esprits, rien de mieux qu’un changement de locaux. Les travaux de rénovation débutent en 2014.

Aujourd’hui, la Cité Scolaire Honoré d’Urfé se déploie dans un site d’une surface totale de 93 000m².  Les différents bâtiments (lycée, collège, gymnase, salle polyvalente, internats, self, logements de fonction) s’organisent au sein d’un parc paysager. Le collège est implanté à l’ouest du parc alors que le lycée est plutôt situé à l’est.

La section Biotechnologies du lycée Honoré d’Urfé comprend aujourd’hui 13 enseignants et dispense des formations technologiques :

• Le Bac STL Biotechnologies ;
• Le Bac ST2S ;
• Le BTS Bioanalyses en laboratoire de contrôle ;
• Le BTS Économie sociale et familiale ;
• Le DTS Imagerie médicale et radiologie thérapeutique.